Další významnou památkou je kostel svatého Mikuláše
Kostel svatého Mikuláše v Jaroměři je jedna z nejvýznamnějších českých gotických památek. Nachází se na východní straně náměstí a tvoří dominantu okolí. Jedná se o farní kostel jaroměřské farnosti. Kostel je kulturní památka České republiky.
Založení kláštera se datuje do druhé poloviny 14. století, vlády krále Karla IV. Založil jej první pražský arcibiskup Arnošt z Pardubic, který jej později povýšil z farního kostela na kostel konventuální kanovníkův řeholních sv. Augustina. Se stavbou trojlodní stavby se začalo v roce 1404. Chrám byl vyprojektován po vzoru kostela ve Vratislavi, ale došlo ke zkrácení stavby. Původní chrám byl vystavěn jako stejnolodní s bohatým klenebním systémem, který je dnes zachovalý pouze v torzu. Husitské války přerušily stavbu chrámu, ta byla zaklenuta až počátkem 16. století.

Podobu chrámu poznamenaly četné požáry, sesouvání půdy a následné opravy. Například v roce 1548 vyhořela věž v jihozápadním průčelí kostela. Oprava probíhala až do roku 1562. Roku 1584 došlo k zesílení pilířů hlavní lodi. Renesanční předsíň byla přistavěna v roce 1590 před západní průčelí. V roce 1670 byl chrám opět poškozen požárem. V roce 1683 byly zesíleny pilíře na jižní straně kostela a zároveň byla snížena severní věž. Zvonice byla dokončena roku 1707.
Interiér
Ačkoliv je kostel hlavně gotický, výzdoba kostela je barokní. Nad vchodem do severní lodi je umístěna soška patrona kostela od Matyáše Bernarda Brauna. Bohatě zdobený hlavní oltář z roku 1772 od jaroměřského rodáka Martina Krupky má na vrcholu sousoší Nejsvětější Trojice. Od Martina Krupky je také kazatelna se sochařskou výzdobou a pontifikální křeslo. Mezi další vybavení kostela patří čtyři boční oltáře z 2. poloviny 17. století, cínová křtitelnice z roku 1518 od Václava Tvrdocela, jejiž víko je pozdějšího data a historickou zajímavostí je náhrobek litevského knížete D. Sangušky zavražděného v Jaroměři roku 1554. V roce 2007 se děkan Jerzy Stanislaw Zięba postaral o zhotovení sochy bývalého papeže Jana Pavla II. v životní velikosti. Sochu ze dřeva vypracoval místní akademický sochař Petr Novák, dokončena byla v roce 2008.
Zajímavost
V kostele sv. Mikuláše můžeme najít ampulku s krví Jana Pavla II., kterou uložil biskup Jan Vokál. O relikvii poprosil děkan Jerzy Stanislaw Zięba osobního sekretáře Jana Pavla II. arcibiskupa Dziwisze, který žádosti vyhověl. Ampulka s krví je uložená ve skříňce ve tvaru gotického okna, kterou zhotovili místní řemeslníci.