Další zastavení na Naučné stezce Jana Karafiáta, které si zaslouží svůj samostatný příspěvek je dřevěný toleranční kostel Velká Lhota. Tento kostel byl vystavěn krátce po vydání Tolerančního patentu císaře Josefa II. a dnes je unikátní kulturní památkou. Nebyl nikdy přestavěn, mimo jiné kvůli chudobě farníků, a zůstal tak zachován jako jediný dřevěný kostel s původními rysy tolerančních kostelů v České republice. Kostel je prostý, nevytápěný, bez umělého osvětlení, bez věže. Celá stavba je kryty šindelem, postavený je ze silných smrkových klád.
V letech 1875-1895 zde jako farář působil autor knihy Broučci Jan Karafiát. Pobyt tohoto kazatele připomíná pamětní deska na budově fary i naučná stezka.Kostel je doposud v provozu a konají se v něm nedělní bohoslužby a další obřady - nepřetržitě od založení kostela. Prohlídku kostela lze domluvit s panem Zajíčkem na tel. čísle 737 410 093.