Dalším lákadlem je Znojemské podzemí, které je částečně přístupné veřejnosti. Jedná se o systém chodeb a sklepů, které se od 14. století propojovaly a vytvořily unikátní komplex. Vzhledem k úrodnosti okolní půdy sloužilo jako úložiště sklizně, nicméně velkou úlohu hrálo i v obraně města. Dnes je možné podzemí navštívit – na takzvané klasické trase uvidíte rakve s kostrami nebožtíků, mučící nástroje i s utrápenými zločinci, modlící se mnich, skřeti a mnoho dalšího. Je vhodné říct, že trasa není vhodná pro děti do 5 let, starším dětem se ale určitě líbit bude. Pro milovníky adrenalinu jsou připraveny i zvláštní adrenalinové trasy.