Vakcinace (neboli očkování) by měla sloužit k ochraně zdraví očkovaného jedince, k zabránění vzniku a šíření určitých infekčních onemocnění, vzniku epidemií a nebo k ochraně zdraví jiného jedince, jenž sám nemůže být očkován, očkováním jeho blízkého okolí (do této skupiny řadíme např. očkování zdravého dítěte proti planým neštovicím, pokud se v rodině vyskytuje osoba s těžkým imunodeficitem). Vedle povinné vakcinace existuje i celá řada nepovinné vakcinace, ze které si lze, na základě indikace vakcín a zvážení rizika vedlejších účinků, vybrat a požádat lékaře o aplikaci vakcíny.

Při očkování je do organismu očkovance zaveden antigen, tedy látka vyvolávající odezvu imunitního systému², cílem je, aby organismus očkovance vyrobil protilátky, které by měly fungovat jako ochrana proti onemocnění, očkovanec by tedy měl být proti onemocnění imunní. Žádná vakcína ale neposkytuje 100% ochranu a na druhou stranu každá vakcína přináší riziko vzniku nežádoucích účinků. I mezi lékaři se vedou polemiky o přínosech a rizicích vakcinace a o tom, co převažuje.